你可以简单地解释为小说情节的漏洞，也可以这么理解，火烧藤甲兵是诸葛亮自己作出来的，本来不必要死这么多人，所以他得承受代价。
首先先要明确一点，历史上的诸葛亮可从来没有火烧过什么，所谓火烧新野、火烧博望坡、火烧藤甲兵、火烧上方谷，那都是小说帮他烧的。所以这里就只能从小说本身来分析，历史上是找不出原因了。
从小说来说，之前的火烧，那是为了让刘备脱险啊，为了逃避曹操的大军啊，是为了宣扬正义啊，扶保汉室啊，你怎么说都行，反正是打的曹操，那在小说中，曹操是奸臣代表，烧他的兵不算事。但是藤甲兵不一样，他们是不服蜀汉管制，并不是穷凶极恶之徒，而诸葛亮本身也有机会避免火烧藤甲兵，杀伤这么多人，因为自己的失误才导致最后反而要杀这么多人，所以要折诸葛亮的阳寿。这算是说的通的。
容我先折回历史，历史上诸葛亮平南中没有七擒七纵这种事，甚至孟获都不是蛮王，《三国志》里都没有孟获的记载，只有在非官方的《汉晋春秋》中提到过，孟获只是在南中有点威望，所以诸葛亮打败了他，擒了又放，让他心悦诚服投降，帮助诸葛亮劝说南中的蛮人归顺，之后孟获也去蜀汉做官了，还是文官。所以没有七擒七纵，只有一擒一纵这是对的。而小说为了刻意夸大戏剧化冲突，让诸葛亮来个七擒七纵，其实是不合逻辑的，所以最后只好尴尬收场。
我个人一直觉得七擒七纵写的不是很好，至少这段故事不合逻辑，把诸葛亮这样一个优秀的政治家搞的婆婆妈妈，妇人之仁。设想一下，诸葛亮南征的目的是什么？是要平定南中。七擒七纵小说里给出的解释是诸葛亮要让孟获心悦诚服，可这代价也太大了吧？得不偿失。首先，寒了将士的心，我们好不容易抓住孟获，结果抓一次你放一次，累傻小子呢？其次，寒了那些真心归顺的蛮族首领的心，比如洞主杨锋，擒了孟获献给诸葛亮，结果诸葛亮转身就给放了，这是要干什么？不是纵容孟获找杨锋报仇吗？也太不厚道了。实际上，既然你要的是南中稳定，不如杀孟获一人，换一个听话的比如杨锋，立为新的蛮王，这个仗不就打完了吗？结果倒好，为了孟获一个人最后不得已烧死几万藤甲兵，这不是自己作的吗？
所以说，从小说来讲，诸葛亮损阳寿是他自己的责任，本可以避免的杀戮因为他的失误而不得不做，责任只能归咎给他。而对于真实的历史，就不存在这样的故事了。