1908年11月15日，慈禧太后去世，而就在她去世的前一天，光绪皇帝也去世了，慈禧去世时73岁，而光绪帝当时才37岁，正当壮年，所以光绪帝的死被蒙上一层神秘色彩，后世许多历史学家猜测，很可能是慈禧害死光绪帝的。
2008年，有考古学家从光绪帝的头发中提炼出砷元素，这是砒霜的主要成分，所以基本断定光绪帝是被毒死的，到底是谁下的手，那就不言而喻了，当时光绪帝被慈禧关押着，只能是慈禧派人下的手。
慈禧之所以要杀光绪帝，其实也并非她无情，严格来说她跟光绪帝还有很深的亲戚关系，关光绪帝的父亲是醇亲王奕譞，即道光帝第七子，是咸丰的弟弟，也就是慈禧的小叔子，所以光绪帝应是慈禧的侄儿，而光绪帝的母亲是叶赫那拉·婉贞，她是慈禧的亲妹妹，所以光绪帝应该是慈禧的外甥。
对于这位既是外甥又是侄子的皇帝，慈禧还是痛下杀手了结，愿意主要是两人有巨大矛盾，尤其是光绪帝任用康有为搞戊戌变法，让慈禧太后非常不爽，结果慈禧杀了戊戌六君子，囚禁了光绪帝，还有个重要原因，就跟溥仪有关了。
慈禧临终前把后事安排得很好，她已经"料定"光绪帝会死，所以提前让溥仪当了皇帝，同时让溥仪的父亲载沣和隆裕皇后亲政，为了扫平障碍，只能杀了光绪帝，然而慈禧没想到，溥仪登基后第三年，孙中山发动辛亥革命，溥仪就被迫退位了。
溥仪退位之后，清朝已经没有了，变成中华民国了，而慈禧也因此没人庇护了，要知道慈禧生前干了不少不得民心的事，民间百姓对她是恨之入骨的，这时孙殿英站出来，他以"革命"为名，直接掘了慈禧的陵墓，盗取了大量珍宝。
假如慈禧太后不杀光绪帝，让他继续当皇帝，慈禧死后他可以主政了，从戊戌变法来，光绪帝也是个有能力的皇帝，至少是有上进心的，加上有人辅佐他，总比让隆裕和慈禧一对孤儿寡母强得多吧，清朝至少不会那么快就灭亡的。
假如清朝不会那么快灭亡，那么孙殿英也就不会变成民国军阀了，光绪帝虽然恨慈禧，但他肯定不会去懂慈禧的陵墓啊，自然也就没人去挖慈禧陵墓了，就像秦始皇陵、武则天的乾陵那样，保存至今都完好如初，可见慈禧临终前杀光绪帝，当真是愚蠢至极！