历史长河中湮灭了许多东西，给后世留下了许多疑案，清朝统治时期也给后世留下了四大疑案:一是太后是否下嫁多尔衮?二是顺治帝究竟有没有出家?三是雍正是否被刺身亡?四是乾隆的真实身份是否被掉包?下文将给大家梳理一下这四大疑案。
疑案之一：太后下嫁，在清末《苍水诗集》有诗云“上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门;春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚”，就是说太后下嫁这件事。作者张煌言是清初人，与多尔衮处同一时代，其说应为真实。
《朝鲜李朝实录》仁祖二十七年(1649年，清顺治六年)二月壬寅，亦有“皇父摄政王多尔衮”这样去“叔”字改称“皇父”的记载，它间接地透露了多尔衮被称皇父“已为太上”与太后相对称，正是太后下嫁的一个旁证。《清实录》与蒋良骥《东华录》等书中对多尔衮之改称“皇父多有记载，所以太后下嫁这件事是确有其事的。
疑案之二：顺治出家,顺治皇帝好佛，他当政时期，宫中延有木陈、玉琳王秀二禅师，顺治对他们尊礼备至。顺治印章有“尘隐道人”、“懒翁”、“痴道人”等称号，又谕旨对木陈有“愿老和尚勿以天子视朕，当如门弟子旅庵相待”云云。后世流传出顺治出家是因为一个故事:顺治宠爱的董鄂妃去世后，顺治悲伤欲绝遁入空门。据《王文靖集·自撰年谱》载：“奉召入养心殿，谕：朕患痘，势将不起。”张宸《青王周集》亦称：“传谕民间毋炒豆，毋燃灯，毋泼水，始知上疾为出痘。”两人所记完全相合，可以互相印证。这说明顺治死于出痘，而顺治出家就是一个伪命题了。
疑案之三：雍正被刺，传说雍正七年(1729年)，因曾静、张熙一案牵连的吕留良等人被屠戮，吕留良的孙女吕四娘为复仇伺机潜入宫中刺死雍正。野史作如是记载，根据鄂尔泰传记的记载，说雍正暴崩的那一天，上午还“视朝如恒，并无所苦”，就在那天下午，忽召鄂尔泰入宫，而外间喧传雍正暴崩的消息已满城风雨了。鄂立刻“入朝，马不及被鞍，亟跨骣马行，髀骨被磨损，流血不止。既入宫，留宿三日夜，始出，尚未及一餐也”。雍正之死成谜。
疑案之四：乾隆的是否被掉包？有一个雍正与陈氏换子的传说，话说康熙年间，雍正与陈氏交好并同时同日喜获爱子，遂命其抱子入宫，但孩子归还之时发现孩子以由男易女，陈氏不敢声张，此为乾隆身世之谜。这只能是传言，因为清代旗人生子一定要报都统衙门，宗室生子一定要报宗人府，制度十分缜密。何况紫禁城内，安保工作十分严密，怎么能随便抱子出入宫内?显而易见，这些都是编出来的。