军机处始创于雍正七年(1729)，一说八年。时称“军机房”。是辅助皇帝处理政务之机构。机构官员主要有军机大臣和军机章京两种。每天由军机大臣晋见皇帝，讨论大政，然后按皇帝旨意编写政令，等皇帝审核完毕后再向各部门各地方长官下发。还负责审拟特交案件，审核各部院衙门汇奏事件，奏补重要官缺等事。军机章京负责缮写、记档和收发文移等具体事务;，是办理军国大政的实际政务中枢。
军机处下属有两大机构，一是“方略馆”，主要作用是将每次打仗结束后的一些报告和皇帝的指示等有关材料纂修成书，记其始末，定名为“方略”或“纪略”，多为夸耀武功与宣扬统治政令。其次是编纂皇帝特命纂辑的其他书籍，如《大清一统志》、《西域图志》、《明纪纲目》、《明史本纪》等。相当于现在的国家档案馆。二是“翻书房”，设立于乾隆(1736—1795)主要作用是负责拟定满文音义标准，审定满语词汇，满汉文字翻译等。
军机处的前身是康熙十六年（1677年）设立的南书房，之所以要设立是因为用作对抗议政王大臣会议，议政王大臣会议是清初（皇太极时代）的产物，这个会议是满族宗王、八旗、贝勒等上层贵族参与处理国政的制度。它作出的决策、发出的政令，即使皇帝也不能更改，这对皇权造成极大冲击。因此康熙早期设立南书房，起初表面上是与大臣们研讨学问，吟诗作画之所。之后逐渐演变成具有一定内阁作用的议政机构，这样达到了削弱议政王大臣会议的目的，进一步加强中央集权。
至雍正七年（1729年），清朝出兵西北平叛葛尔丹，为了处理军务设立军机处。之后逐渐扩大军机处权利，最终成为清朝最高权利机构，议政王大臣会议虽然继续存在，但所议之政，无关乎军国大事。最后乾隆五十六年(公元1791年)十月二十四日，乾隆取消了议政王大臣职名，自此议政王大臣会议制度也随之消失。