秦始皇为我国的历史发展奠定了非常强大的基础，军事、政治上的成就也令人称奇。但是，有关秦始皇的传说和谜题也很多，尤其是关于秦始皇的身世问题更是到现在都没有一个确切的答案。即使是史料中，也没有找到完全确切的记载。
在目前的一些史料中，可以看到两种记载。在秦始皇本纪上，记载道秦庄襄王的妃子赵氏生下了秦始皇，而这个妃子原本是吕不韦的舞姬。而另一种记载中写道，一舞姬和吕不韦曾有一段关系，并且该舞姬有孕，但是后来却被吕不韦献给了庄襄王，最后生下了秦始皇。在这两段记载中都有一个重复出现的关键人物，那便是吕不韦。
吕不韦当时是赵国的一个商人，身份低下，但是他一直想找机会提高自己的门第，从"贱"商中脱离出来。当他看到被送到赵国做质子的子楚时，便觉得自己的机会来了。他去拜见子楚，希望可以和他一起合作，共同提高他们的地位。子楚听到吕不韦的提议之后，也同意和吕不韦联手。于是，吕不韦出钱帮子楚四处游说，子楚用自己"继承人"的潜能帮吕不韦摆脱贱商地位。
若秦始皇真的是吕不韦的儿子，那么以下的描述可能就是证据。据说一拍即合的两人商谈得非常投机，就这样开始了密切的往来。子楚常常到吕不韦家中饮酒，有一次，子楚喝醉了，意外相中了吕不韦身边的一个舞姬赵氏，甚至还想要轻薄她，不过当时的赵氏已有身孕。看到如此情景的吕不韦佯装不悦，但是最后还是顺水推舟将赵氏献给了子楚。
吕不韦知道赵氏肚子里的孩子是自己的，便有了更大的图谋。而不知情的子楚自当自己夺人所好，再加上他接受了吕不韦良多帮助，心中有愧，更是对吕不韦深信不疑。最后，吕不韦的计划成功了，子楚成功登基，也就是我们所说的秦庄襄王。在子楚登基之后，赵氏便生下了一个儿子，也就是秦始皇。
若按照这个故事，吕不韦才应该是秦始皇的亲生父亲。很多史学家也认为秦始皇很多性格特点，譬如野心、洞察力等等都和吕不韦非常相似，并且，秦始皇的母亲也一直和吕不韦藕断丝连。
但是也有人认为秦始皇就是皇室血统，毕竟最后杀吕不韦的就是秦始皇，可见两人的关系一点也不亲密。秦始皇的父亲至今也未下定论，谁也没有办法肯定吕不韦和子楚哪个才是秦始皇的爹。