一、《清理》否定了李洪志的“法身”
李洪志在《清理》中说：“师父不希望你们老是走错路，更看不了你们被迫害。很多时候你们吃的苦真的是人心带来的。人心强了还不悟，旧势力的因素就会利用邪恶把你们抓到劳教所進行迫害。”李洪志在《清理》中这段话是对他的“法身”说的否定。因为李洪志说他有无数“法身”，他的“法身”不仅能独立做事，而且一直在保护大法弟子。在《清理》中李洪志竟然公开承认他的“法身”在旧势力面前不但不灵了，还不起任何作用。只好假装慈悲地说：师父看不得你们被“迫害”，而且把弟子们吃的苦推到了弟子身上，胡言弟子吃的苦是人心造成。为自己和自己的“法身”推脱责任。在这里我们不妨回顾一下李洪志的“法身说”。
“我有无数的法身，和我长的一样。他在另外空间里，当然就能变大变小。变的很大，变的很小。他的智慧完全是打开的，法力象佛一样，主体在我这里，他们自己有独立做事的能力，他们会看护你、保护你，帮你演化功，做一些事情。”（《法轮佛法——在悉尼讲法》）
“我的法身多的不能用数字来计算，数不过来。多少人我都能管，全人类我都能管。”（《法轮佛法——在悉尼讲法》）
“当一个修炼的人将要遇到麻烦事的时候，我的法身会给你把这些东西化开，不让出现，也会点化你。”（《法轮佛法——在悉尼讲法》）
“我的法身一直要保护到你能够自己保护你自己为止，那时候你将走出世间法的修炼了，你已经得道了。”（《转法轮》）
“法轮大法修炼者当接受了我传的法轮大法之后，真正去修，就有我的法身保护。只要坚持修炼，法身就一直保护到你修炼圆满。”（《法轮佛法大圆满法》）
二、《清理》否定了李洪志的“神通”
李洪志吹嘘他有许多“功能”和“神通”，譬如化功、遥视、隐身、遁术、搬运、思维控制等。李大师既然会思维控制，那么大法弟子的一切行为，法轮功组织里的任何活动都在他的掌控之下。什么法轮功内部的内乱呀、纷争呀、另立山头、跪拜唐王、佛学会与法轮功各大媒体之间的不协调、弟子不认真学法等问题都不会出现。那些特务的捣乱也不会在法轮功内部得逞，弟子之间也不会互相攻讦，互相指责。因为李洪志只要稍微施展一下自己“神通”，来个思维控制，那么法轮功里的一切都会按照李洪志的意志为转移。
可是，李洪志在《清理》中开篇就说：“对于这些问题，我一直没说什么，有两个原因。一、我想叫学员自己修炼成熟，修炼成熟过程中看到这些问题，自己走出来。二、看那些组织者能偏离成什么样子。要彻底把人心表现出来时我再说话。现在你们看到了问题，那我就说说。”之后又接着说：“关键是大家要多学法。多学法自然就会有正念，在证实法中自然就会在法上做事，路才会走正。”“走好以后的路，还得靠你们自己。”
上述列举的《清理》中的内容，分明是对李洪志对自己具有的“神通”的否定。如果李洪志有思维控制的“功能”和“神通”，法轮功组织内部就不会出现这些问题。大法弟子的“人心”和“执著”都会在李大师的思维控制下去掉。弟子们会天天规规矩矩地学法，根本不用李洪志在讲法中面命耳提地去告诫，去督促。在李洪志的思维控制下，大法弟子也不会去放纵，更不会像常人一样去求名求利，起着破坏法的作用。同样，李洪志也不用劳神去讲法和发表经文了。什么《淘沙》、《警醒》、《2009年大纽约国际法会讲法》、《二零零九年华盛顿DC国际法会讲法》不都成了多余的东西了吗？他李洪志也不用在《大纽约国际法会讲法》中谆谆教导弟子们被干扰了。“尤其在现在这个社会中，大家看到了，负面的东西太多了，带动着人执著，牵动着人的心魂，把世人不断地往下拖，这是很可怕的。大法弟子是修炼的人，不是修炼的神，是修炼中的人哪，所以也会或多或少被干扰。”有了思维控制功能，李洪志何必这么劳心费神，苦口婆心地去唠叨呢？只要用思维控制功能让弟子们成为“修炼的神”就行了，然后，挥挥手让弟子都获得“圆满”成为佛成神就行了。
三、《清理》否定了李洪志的“主佛”地位
李洪志把自己自诩为宇宙中的“最高神”，世上的一切都是他安排的。“法是我造就的……法造就了众生，法又在更新中使众生同化，救度众生……。”（《2003年元宵节在美国西部法会上讲法》）“大法是宇宙的法，大法创造了宇宙中的一切生命，大法开创了宇宙不同层次生命的生存环境与标准，也给不同层次的生命创造了不同的智慧，包括人类的文化”；（李洪志《随意所用》）“大法有着无限的内涵，造就了宇宙每一层次的一切”（李洪志《走向圆满》）；“长期以来，旧势力及三界内一切起负作用的乱神，一直在起着很坏的作用”，“无论它们以什么外形存在，无论它们有形无形，无论它们什么层次，无论它是谁的形像，都全面解体、清除。”（《全面解体三界内一切参与干扰正法的乱神》）“没有人知道我是谁，我也不知道我是谁。没有生命看到过我，没有生命叫过我什么。……也许宇宙都没有了，那个时候就只是我了。……没有我就没有宇宙的存在。”（《北美巡回讲法》）如此神通的李洪志在清理时却奈何不了中共，他在《清理》中说：“解体中共X党是天定的，是历史的必然，不值得大法弟子只为此而做。”原来，有一切能力，能救度世人的“救世主”，没有他李洪志就没有整个宇宙，竟然在清理中说中共的兴衰是由天定，与他这个“救世主”一点关系也没有了。
从《清理》和许多经文中不难看到这个被弟子们弄得焦头烂额，指责弟子们人心太多，“执著”不去的宇宙主佛李洪志，面对自己捏造出的、弟子无法实现的“圆满”，只好无奈地把自己撇得一干二净、清理出神位，让弟子们自己去管理自己，自己去对自己负责任了。因为他忘记了他神的许诺。“我不是耶稣，我也不是释迦牟尼，但是我造就了千百万个敢于走真理之路、敢于为真理而不畏生死、敢于为救度众生而献身的耶稣、释迦牟尼。”