从历史上元明清时期的秘密教门到民国时期蜕变为会道门，再发展到当代邪教，就是中国“邪教”演变的历史轨迹。这种民间秘密结社名目繁多，组织遍布大江南北，信徒多达数千万人，形成一种巨大的社会势力，举世罕见，其影响渗透社会各个阶层。历代当政者无论是武力镇压，还是严刑峻法，是宽严相济，还是群众运动，都只能将其消灭于一时而难以彻底根除，真可谓“打之不尽，取缔难绝”，成为影响社会稳定的痼疾和毒瘤。
一、秘密教门
秘密教门是由宗教异端演变成的民间秘密结社，以师徒传承的方式组成，以对“无生老母”的崇拜和“弥勒救世”、“天盘三副”等信仰作为维系内部联系与团结的纽带。以入教可以消灾获福或避劫免厄来吸引群众，要求徒众茹素食斋，诵经礼佛，表面上与佛教和道教有某些相似之处，因而也被人们称为“民间宗教”或“秘密宗教”。秘密教门中最主要的一支白莲教，其前身乃是佛教的几个异端教派，其中包括南北朝时期兴起的弥勒教，北宋末年出现的白云宗及南宋初年的白莲宗。这些教派虽属佛教异端，但在性质上仍属宗教信仰。可是后来经过相互影响、渗透，到元末经过农民大起义的洗礼，逐渐融合成了白莲教。白莲教形成后，已经不再是半僧半俗的念佛净业团体，而是在民间广收徒众，进行秘密活动，成了带有宗教色彩的民间秘密结社。明清时期的罗教、弘阳教、闻香教、八卦教、收元教、混元教等，皆属秘密教门。
秘密教门是封建社会的产物，阶级压迫是其产生的根源，而小农经济则是其赖以的存在与发展的土壤。一方面，广大农民和其他下层人民，不仅身受官府的压迫，胥吏的勒索，而且受到地主、富商及高利贷者的剥削。他们终岁辛勤劳动，却仍然难得温饱。另一方面，个体小农在经济上是脆弱的，经不起天灾人祸的袭击，总是担心失去自己仅有的一小块土地和微薄的财产，对自己和全家人的前途和命运。秘密教门正是利用下层民众的这种心态，向人们宣传世界将面临“末劫”，只有入教才能消灾免厄。入教之后，不但今生可以获福，来世还可托生好人。一旦劫难降临，便可获得“无生老母”的拯救，回归“真空家乡”，得到永生。秘密教门这种宣传，对广大个体小农有着巨大的吸引力。
历史上的秘密教门有诸多的消极因素和负面影响，比如平时教主利用传徒敛钱渔色，有的教主把信众奉献的的血汗钱大肆挥霍，或购置房产田地，使自己成为新的地主豪强；有的则为自己或子弟捐官，跻身统治阶级。这一目的无法达到时便利用信徒追求美好生活的愿望，借助于“弥勒救世”和“末劫说”鼓动信众造反，以实现自己登极称帝的政治野心，结果往往使大批无辜信众付出了血的代价。秘密教门的教主们在骨子里渗透着封建专制主义的帝王思想，他们的政治理想便是推翻世俗封建统治，而代之以神权封建统治。它们的政治理想如果成功并加以实践，历史将不是前进而只能是倒退。但是，其存在仍然具有一定的积极意义，如历史上秘密教门宣扬的“弥勒救世”和“天盘三副”说，客观上反映了农民和其他下层群众不满现实和期盼未来美好生活的愿望和要求。它们进行的造反活动，客观上也打击了明清时期的封建统治。所以，我们不能把它同当代邪教相混同，更不能像明清封建统治阶级那样，也把秘密教门也称为“邪教”，而是称之为“秘密教门”。
为什么不应把明清时期的秘密教门称为“邪教”呢?因为在中国历史上最初是佛教僧人站在正统佛教立场上，把异端教派称为“邪教”。宋代僧人志磐在《佛祖统纪》中，曾把茅子元倡立的白莲宗称为“邪教”。明清时期，统治阶级沿袭正统佛教的说法，把白莲教等带有宗教色彩的民间秘密结社称为“邪教”。不过，明清统治者称白莲教等组织为邪教，主要不是从宗教的“正”、“邪”考虑，而是因为这些组织不断造反，危害到统治阶级的切身利益和国家的稳定。我们今天不能站在正宗佛教或明清统治阶级的立场上，把危害到明清封建统治的秘密教门也称作“邪教”。
二、会道门
民国时期的会道门，是元明清时期秘密教门的延续和发展，也是以宗教信仰的面目出现，以师徒递传的方式组成，以封建迷信作为内部联系和团结的纽带。这个时期，各种会门、道门等结社组织在政治上日趋反动，一直企图复辟封建专制统治，由其教首称王称帝，逆历史潮流而动，为了区别历史上的秘密教门，故称之为“会道门”。
民国时期的会道门不仅支派庞杂，而且人数众多，在全国约有会道门300多种，人数最多时达到3000多万人。在全国流传广、影响大的会道门大约有30种，即一贯道、先天道、瑶池道、归根道、普渡道、九宫道、八卦教、圣贤道、大乘教、无极道、黄天道、长生教、收圆道、同善社、天德圣教、中华理教会、一心天道龙华圣教会、真空道、红卐字会、万国道德会、皈一道、道德学社、清净门、太上门、中教道义会、红枪会、大刀会、孔孟道等。
民国初期，政坛混乱异常，真是“你方唱罢我登场”，一拨军阀官僚垮台了，另外一拨又掌握大权，那些被赶下政坛的失意政客和军阀官僚们，希望借助各种结社组织的力量东山再起，。而那些台上的军阀官僚们，巩固自己的地位和权势，也需要乞灵于各种神灵的庇护。各种结社组织为了适应这种政治形势的需要，也不断修改自己的“教义”，更加适应军阀官僚和失意政客的需要。大量军阀官僚和失意政客的加入，改变了秘密教门的阶级结构，于是从原来下层群众的结社组织，逐渐蜕变为官僚政客的工具——会道门。所以，当时从总统、部长、军阀官僚到失意的官僚政客，纷纷为会道门捧场，甚至直接加入其中，有的还成为会道门的“护法”。如“道德学社”的总干事雷寿荣为陆军中将，龚百龄为陆军少将，刘永谦为海军中将。湖南省督军兼省长谭延闿、湖北省督军萧耀南等担任“同善社”名誉会长。
这个时期，绝大多数会道门首领，趁着时局的混乱和严重的自然灾害，掀起了一次次的造神运动。他们以维护封建伦理的说教，宣扬多神信仰为其精神支柱，以烧香念咒为幌子，通过扶乩等活动，炮制了大量的训文、经文、坛语，宣扬腐朽没落的思想，欺骗愚弄广大信众。他们教唆、恫吓、强迫信徒进行残酷的“自我修炼”，严重摧残了人性，戕害了人们的身心健康，污染了社会文化环境，成为民国时期阻碍科学与民主思想传播的绊脚石。尽管有些会道门，如红卐字会、万国道德会等，曾以兴办义学、赈灾、施诊等活动装饰门面，以救苦济难的假象欺骗群众，但实质上是打着宗教信仰和慈善事业的幌子，戴着劝人行善修身的假面具，吸引信徒，达到其敛财或者某种不可告人的目的。他们本人及他们的子孙长期不劳而获，坐收各方进献的香金——“功德费”，小则成小康之家，大则广置田产，妻妾婢仆成群，富可敌国。他们给劳苦大众造成思想上精神上的束缚和心灵上的毒害，是不可低估的。
会道门组织标榜不参与政治，远离政治，实质上具有鲜明的政治性。1933年，同善社头子彭泰荣派其次子彭宝善潜赴长春，晋见溥仪，表示拥戴，并提出愿意教练几百万神兵，为溥仪入关复辟效力。抗日战争时期，同善社投靠汪伪政权，为其效命。孔孟道首领刘丛云，妄称自己是“白鹤仙翁下凡，代天宣化”，1925年取信于四川军阀刘湘，被拜为军师。又先后将四川军阀王瓒绪、唐式遵、范绍增、王陵基、田颂尧、兰文彬、陈书龙、罗泽州、杨森等人拉入道内。刘丛云穿梭于各军阀之间，推销“以神治军、统一天下”的主张。
每当天灾人祸或社会动乱之际，会道门都乘机发展。北洋政府时期，军阀混战，会道门几乎无一例外的勾结军阀、官僚、政客，获得公开传道的特权，纷纷建立组织。抗日战争爆发后，他们又公开投入日本帝国主义的怀抱，勾结汉奸势力，横行于沦陷区，得到前所未有的大发展，成为日本侵略者的帮凶。解放战争期间，他们同国民党政权勾结，公开与人民为敌，从事各种破坏活动，破坏人民解放事业。全国解放前夕，又积极进行应变布置，制造妖言，企图浑水摸鱼，伺机再起，甚至搜罗国民党溃兵枪支，组织武装，发起暴乱。随着新中国的成立，人民政府彻底取缔了会道门。
三、当代邪教
自20世纪80年代以来，空前的社会变革引起剧烈的社会动荡，当代邪教由此滋生。当代中国邪教有的是土生土长的，有的是国外异端教派的渗透传播，也有的是新生邪教的滋生蔓延。20世纪80年代邪教势力大多在偏远地区活动，90年代向城市为渗透扩张，进入21世纪，伴随着全球化的浪潮，呈现出国际化的趋势。
当代邪教的本质是反人类、反社会，其主要特征有：一是教主崇拜。邪教教主自命为至高无上的“神”，自我神化，制造“神迹”，表现“超自然的特异功能”，制造轰动效应。二是精神控制。精神控制使信徒丧失对事物的基本判断力，教徒们过着自认为最纯正、最神圣的生活。三是编造邪说。邪教教主大肆宣扬世界末日，制造恐慌气氛，使信徒狂热盲从。四是秘密结社。邪教教主通常采用秘密结社的方式，建立封闭或半封闭的组织，要求信徒断绝或疏远与家庭和社会的联系。五是敛财渔色。教主攫取信徒的“捐献”，非法敛财，骄奢淫逸，蹂躏女性。六是危害社会。破坏社会正常的生产生活秩序。
近年来，邪教组织的极端化倾向越来越明显，甚至某些邪教组织，带有明显的黑社会性质。这是因为随着反邪教斗争的不断深入，揭露邪教危害、剖析邪教本质的舆论宣传力度不断加大，广大民众认识能力的提高，逐渐能够辨认出何者为宗教，何者为邪教组织，大大压缩了邪教组织的传播和生存空间，邪教组织的传教就越来越难。邪教组织为争取自己的生存空间，故邪教组织在基督教的教义解释、传教方式、组织形式、对信众的承诺等方面，越来越极端，越来越离谱。如在传教方式上，很多邪教组织都以亲戚连亲戚，朋友连朋友的方式发展教徒，并且带有极大的强迫性，乃至限制人身自由。邪教组织没有退出机制，只要进了这个组织，要想退出来，就要付出高昂甚至生命的代价。在教义上，有的邪教组织甚至宣称所有不信该教的人都是“魔鬼”，或“魔鬼的代言人”，都是必须被清除的；有的邪教组织承诺信众，只要信教，就会得到巨额的财富等等。2014年5月28日山东招远血案，已经表明邪教组织“极端”已经走向了极致，到了无以复加的地步，更说明“走向极端”是其拓展生存空间的唯一方式。