1993年8月，在全国性的气功热中，中国气功科学研究会将李洪志的法轮功接纳为该会的直属功法，并给了一定的扶持。以后逐渐发现李洪志的言行存在许多问题，严重背离了该会的章程，于是经调查于1996年9月12日整理出《关于李洪志“法轮功”问题的情况反映》。据该文反映，李洪志是70年代初参加工作的，原系吉林省长春市粮油供应公司的一般工作人员，1991年才停薪留职外出传功。该文列举了李洪志的许多极端言行，说明李洪志在主持法轮功的传播过程中，“大肆神化自己，大肆宣传封建迷信，大肆制造政治谣言，存在着比较严重的问题。”该文最后提出了对法轮功（李洪志）问题的处理意见，说：“李洪志已多次声称他不再传功、专心去研究佛学，与法轮功没有什么关系了。说明气功法人已不再执行法人义务，作为直属功派的法轮功总部组织自行解除了与我会的组织隶属关系。原法轮功组织如想继续功法的存在，则必须重新按照功法建立申请程序进行申请，由主管单位另行审定。对李洪志气功著作中的错误及其他方面的问题，组织一定力量进行分析批判，旗帜鲜明地廓清气功宣传中的错误的东西，昭示气功科学的本来面目。要引导广大群众正确练功，实事求是地对待练功效果和各种特异现象，对一时尚不易划清界限、说明内涵的问题，要加强研究，消除神秘感。使群众练功过程形成为一个气功科普的过程，根除气功活动中的封建迷信的影响……。”

　　随后中国气功科学研究会于同年11月28日作出了《关于注销法轮功直属功法的决定》：

　　李洪志传教的法轮功，1993年8月被接纳为本会直属功法，三年来学练法轮功的人数逐渐增多，对健身防病和对疑难病症的治疗，都取得了不同程度的效果。但对李洪志在传功过程中宣扬神学迷信，背离气功活动的正确宗旨与目的，引起多方面的非议与批评。在我会进行治理整顿时，法轮功主持人李洪志不参加会议。鉴于李洪志在传功活动中背离本会的章程，又拒绝接受教育，决定将法轮功予以注销。

　　1997年11月10日，中国气功科学研究会重申“不予李洪志‘法轮功’注册登记的决定不变”：

　　近来，本会陆续收到一些气功爱好者来函或来电询问：有关李洪志“法轮功”注册登记问题中国气功科学研究会重申：因李洪志“中国法轮功”等公开出版物和言行，背离本会章程，我会1996年已不予李洪志“法轮功”注册登记的决定不变。并已向政府有关部门作过专题汇报。

　　由上可见，中国气功科学研究会根据李洪志的言行及“法轮功”的性质作出了其职权范围内的事情，业已与“法轮功”无任何关系。