综合疫情防控等各方面因素考虑，燕京啤酒2020中国足球协会杯将于9月18日开赛，仅中超球队和中甲球队参加，进行5轮共25场比赛。9月2日，中国足协在苏州举行了燕京啤酒2020中国足协杯首轮抽签仪式。
首轮比赛仅16支中超球队参加，2019年中国足协杯冠军、2019年中超联赛1至7名为种子队，8支种子队按上述顺序排序为大连赛区上海绿地申花、广州恒大淘宝、江苏苏宁易购、山东鲁能泰山，苏州赛区北京中赫国安、上海上港、武汉卓尔、天津泰达。另外8支中超球队按照所属赛区成为非种子队。
中国足协邀请男足国家队主教练李铁担任嘉宾，通过抽签产生了燕京啤酒2020中国足协杯首轮对阵如下：
根据竞赛规程，燕京啤酒2020中国足协杯首轮比赛将于9月18日率先在大连举行4场比赛，次日进行苏州赛区比赛。8支获胜球队将于11月26日参加第2轮比赛，与中甲联赛前8名球队对阵，胜者进入下一轮八强比赛。除第4轮半决赛为两回合比赛外，其他各轮比赛均是单场淘汰制，计划于12月19日最终决出冠军。