北京时间10月1日晚，北京马拉松官方发布赛事通告，宣布2021年北京马拉松将于10月31日鸣枪起跑，选手报名工作为期三天，于10月1日23点50分正式开启，10月4日23点50分截止，赛事规模共计30000人。
北马组委会表示，本次面向大众选手，要求选手须为比赛当年年满20岁（2001年12月31日以前出生）的北京市常住人口，且2019年1月1日（含）至2021年9月23日（含）期间，马拉松赛完赛有效成绩在6小时内或半程马拉松赛完赛有效成绩在3小时内（线上马拉松成绩无效）。选手须下载“北京通”APP完成实名认证，并关联个人证件信息。大众参赛选手须注册“北京健康宝”，且“北京健康宝”健康码无异常，需自比赛日前21日起每日进行健康状况申报。
此外，1.参赛选手须符合赛前21天，即10月10日（含）至10月31日（含）未离京；2.参赛选手须提交采样日期在赛前72小时内（10月28日7:30后）的由北京市正规检测机构出具的核酸检测阴性证明纸质版，及本人在10月15日（不含）前完成全程新冠疫苗接种的有效预防接种凭证纸质版，方可领取参赛物品。
选手如有以下情况之一不得参赛：
参赛选手及其共同居住者赛前21天内有疫情中高风险区或有病例报告社区的旅行史或居住史；
赛前21天内有中高风险地区所在地级市（直辖市、副省级城市的区县）或境内新发病例所在地级市旅行史、接触史，未排除感染风险者；
21天内与确诊病例、疑似病例、无症状感染者有接触史；
21天内曾接触过有流行病学史的发热或有呼吸道症状的患者；
有聚集性发病（21天内小范围如家庭、办公室等场所，出现2例及以上发热和/或有呼吸道症状的病例）的情况；
尚在随访或医学观察期内的确诊病例、无症状感染者、密切接触者、密接的密接、一般接触者等;
参赛者本人或其共同居住者为进口货物直接接触人员或入境口岸相关从业人员、集中隔离点工作人员等风险职业人群。
为了应对疫情下的特殊形势，赛事特邀运动员须遵照相关疫情防控要求，提交抵京前48小时内及赛前48小时内的核酸检测阴性证明纸质版，及10月15日（不含）前完成全程新冠疫苗接种的有效预防接种凭证纸质版，由组委会统一安排，至比赛结束期间实行闭环管理。
2020年，北京马拉松因为新冠疫情停办一年，今年恰逢第40届赛事。