在整个太平天国运动中，虽然洪秀全一直是名义上的领袖，也是清政府最为闹心的“大奸首恶”，但是洪秀全本人实际上在整个运动中并没有起到太大的作用，自始至终都是一群帮手在帮他打江山，治理朝政。在这些助手中，冯云山和杨秀清是最出色的两位，这两个人的先后离世对太平天国的影响是非常大的。
若谈起拜上帝教的起源，似乎要追溯到洪秀全屡试不中之后大病一场时做的一个奇怪的梦。他梦见自己见到了上帝，并且授予了他重大的责任。洪秀全醒来之后，潜意识中认为自己是上帝的儿子，应该以诛灭清妖为己任。这是完全虚构的幻想，还是确实存在的梦境，已经没有研究的意义了，但是不可否认，洪秀全以此为理由创建了早期的拜上帝教。
拜上帝教虽是洪秀全创立，但是能够壮大还是冯云山的功劳，相比冯云山来说，洪秀全仅仅是一个屡试不中，遇到了挫折就想放弃的落魄书生。是冯云山敏锐的注意到了拜上帝教在经济相对发达的广东是无法扎根的，所以他前往百姓比较贫苦，阶级矛盾比较尖锐的广西紫荆山地区。在他的努力之下，杨秀清、萧朝贵带领手下的几千名烧炭工入教，才是拜上帝教真正的兴起。洪秀全之所以在教众心中能成为神一样的人物，基本上是在冯云山的努力之下才实现的，太平天国能够兴起，冯云山是重要推动者。相比其他的诸王，冯云山也是一个读书人，连跋扈的杨秀清对他也是非常尊重的，然而在之后的转战中，南王过早的战死，是太平军的重大损失，不仅改变了早期的权力制衡，也削弱了太平军的领导水平。
南王在太平军的兴起过程中起到了重要的作用，而太平军能够一路北上，攻州夺县，很快就建立了与清政府分庭抗礼的政权，主要就是杨秀清的功劳了。杨秀清虽然是文盲出身，但是在军事指挥上可以说是无师自通，在施政举措上，也是赏罚分明，建树颇多。作为太平军诸王中少有的帅才，杨秀清在他主政的几年里，带领着太平军定都天京，西征，北伐，东征，将大清朝最为富裕的江苏、安徽、江西等省牢牢的控制在自己的手中。太平军的诸王和主要将领也在各个战场上所向披靡，清军将领们逃跑的逃跑，自杀的自杀，跳水的跳水，一溃千里。
然而，这军事上的全盛并没有维持太久，很快就走向了下坡路。天京事变的爆发，改变了一切。在这场兄弟相争，手足相残的内讧中，杨秀清、韦昌辉、秦日纲等人先后被杀，石达开在内讧结束之后回朝主政了半年之后也离开了天京，带走了十多万精锐之师，脱离了太平天国。对于太平天国来说，天京事变确实是整个运动的转折点。
那么天京事变中最大的损失在哪呢？有人说是几万将士被杀，也有人说是杨秀清等主要领导层被摧毁，也有人说石达开的出走是最致命的补刀。应该说，这些都是太平军走向灭亡的原因。而杨秀清的死，也绝不仅仅是指挥系统被摧毁了，更重要的是拜上帝教的教义破产了，太平天国的信仰瓦解了。
杨秀清的死，是他自己的跋扈一手造成的，这点毋庸置疑。手握着实权的他本可以安心的指挥各路太平军继续南征北战，彻底摧毁清朝政权，但是他却在不得诸王之心的情况下，不断的挑战洪秀全的权威。想要取代天王就应该笼络人心，然后带兵杀进天王府，逼供篡位，如果并无此心就应该恪守臣子的本分，安安心心的主持军政要务。杨秀清莫名其妙的举措，让他最后身首异处，这既是他自身命运的终结，也是整个太平天国蒸蒸日上的终结。
洪秀全诛杀杨秀清也是无奈之举，他很清楚自己能在天王府里安享荣华富贵，每天都和不同的王娘逍遥快活，完全不用理睬琐碎的政务，唯一的读书恐怕也是修订儒家经典，研究基督教义，这种“安宁”完全是东王的功劳，如果他亲手结束了东王的时代，那就要选择新的助手，或者自己亲力亲为了。但是如果不诛杀杨秀清，恐怕这最后的安宁也要朝不保夕了，两害相权取其轻，诛杀杨秀清是忍无可忍的最后选择。在杨秀清死后，天京城内成为人间地狱，两万多名将士及其眷属在内讧中被杀，与此同时，太平天国多年来的精神支柱也在内讧中宣告瓦解。
众所周知，太平军的兴起靠的是洪秀全改写的拜上帝教，而在拜上帝教的兴起中，杨秀清在营救冯云山的过程中，利用“天父下凡”的机会，稳定了即将崩溃的教众，也成为了上帝在人间的传音人。一朝是天父，终身就是天父，别说普通的太平军将士不敢亵渎杨秀清的地位，就是洪秀全也要在“天父下凡”之时老老实实的下跪。
在底层的太平军眼中，杨秀清的地位甚至超过了天王，因为天王尚且只是上帝之子，而东王代表的是上帝。而在天京事变之后，上帝居然被自己的儿子杀了，那还信仰拜上帝教做什么？拜上帝教宣告破产了，信仰也瓦解了。洪秀全也并非不知晓这背后的利害，不然他也不会在一切都平息之后又假惺惺的给东王平反，把罪责推给了韦昌辉，并且把自己的孩子过继给杨秀清，继承东王的爵位。
然而杨秀清终究还是死了，在他死后，无论是通过杀人来树立威信的韦昌辉，还是满朝文武尊奉的“义王”（翼王），或是新生代的陈玉成和李秀成，都没能让太平天国再次中兴。太平军迅速结束了军事上的全盛局面，几乎再也没有取得什么像样的胜利。“人心冷淡，锐气减半”是洪仁玕对太平天国后期士气低落的概括，为何人心冷淡，为何锐气减半？或许内讧中惨死的将士影响了太平军的士气，或许石达开的离开加剧了后期的分裂，但是不管从哪个角度讲，杨秀清的死，是太平军由盛转衰的重要节点。
所以说，天京事变，损失的不仅仅是东王、北王、燕王三人，也不完全是几万将士的生命，而是整个教义和信仰的破产，对于依靠宗教来立国的太平天国来说，信仰的破产宣告了太平天国的破产，一步步朝着衰败与灭亡走去。