朱棣发动靖难之役后，最终战胜建文帝朱允炆，登上权力顶峰，在位二十二年。由于朱棣是夺取建文帝的皇位，而当时原来忠于建文帝的大臣并不认可朱棣做皇上的合法性。不承认不要紧，朱棣对待建文旧臣不承认其合法地位的方法很简单，夺位后便将建文帝诸臣通通杀戮。在1402年，朱棣攻陷南京后，就开始对建文旧部开始清算，灭掉大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，左佥都御史景清先假意投降，而后趁机对明成祖行刺，结果未遂，成祖朱棣大怒，下令诛景清九族，并派人挖掘了他家人的祖坟。
方孝孺被杀后，他的十族亲眷也被灭掉，合计八百七十三人死于非命，外亲死者高达数千余人；如练子宁之死、陈迪之死、胡闰之死、董镛之死、卓敬、黄观、齐泰、黄子澄、王度、卢原质等之死，残酷诛方孝孺十族，使天下读书的种子都没有了，其牵连人数之多是不可想象的。明成祖朱棣坐上皇位后，对明朝的君主专制制度进行强化，他先是复周、齐、代、岷诸王旧封，他的皇位较为稳固后，朱棣开始削藩行动。他先对建文帝的直系亲属削藩，建文帝的三个弟弟，吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允，先是降为郡王，最后都被废为庶人。
然后又将齐王护卫及官属废为庶人；朱棣还陆陆续续削减周、岷、代、辽诸王护卫等官位，继续推行明太祖朱元璋所推行的富民政策加强对豪强地主的管控。在永乐初，朱棣非常重视监察机构，一方面利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺探大臣跟百姓的隐事，同时设立镇守内臣和东厂衙门，完善锦衣卫，厂卫结合，继续发展与强化中央集权的专制统治。明成祖时期，北方多旱灾，蝗灾，南方多水灾，永乐元年，北方就就出现灾情，同年四月免除天下未开垦田地的赋税，山东出现蝗灾，河南也出现蝗灾，明成祖就免了河南今夏的赋税又进行赈恤,南方也发生水灾，又赈灾江西、湖广水灾。
永乐二年，对苏州、松江、嘉州、湖州、杭州的水灾又免赋，明成祖时期虽然多水灾，旱灾，蝗灾。灾害频发，但是由于明成祖赈灾得力，减轻了灾害对百姓的危害。朱棣当皇帝的时期，向明朝入贡的藩属国达到三十国之多。明朝疆土的广阔，远远超过了汉、唐两朝。派郑和下西洋，开创了我国历史上乃至世界历史上远洋航行的先例。每到旱涝灾荒之际，都能够为黎民百姓着想，永乐帝朱棣在位二十二年间，励精图治天下。但历史上对于朱棣的争议颇多，有人认为他手上沾满了鲜血，但总的来说功大于过。