段启明1963年毕业于西北政法学院，长期在国家宗教事务局工作，曾任政策法规司司长、培训中心常务副主任、宗教学专业研究员；曾兼任中国宗教学会、中国无神论学会、中国统一战线研究会、中华人民共和国国史学会理事、中国地方志指导小组成员。现任中国无神论学会副理事长、中国宗教学会名誉理事、中国反邪教协会理事。
1996年，段启明还在担任政策法规司司长期间,曾先后收到两封群众来信，揭露李洪志打着气功、“佛法”旗号，神化自己，宣扬迷信邪说，从事违反法律政策的非法活动，希望政府宗教事务部门予以关注。写信的两个人分别是：黑龙江省绥化师范专科学校副校长杨洪升和黑龙江省哈尔滨市佛教协会副秘书长陈星桥。这是段启明接触李洪志及法轮功问题的开始。
1998年，段启明在任培训中心常务副主任期间，国家宗教事务局在当年12月举办了一期全国宗教干部培训班。鉴于当时伪科学、伪气功（实质是打着气功旗号从事巫术活动）和迷信愚昧活动泛滥的形势，段启明请何祚庥院士在培训班上作了一场反伪科学伪气功的报告。何祚庥先生除在讲课中谈及法轮功问题外，讲课临结束时，还拿出一袋子李洪志的书，希望宗教局研究研究。
培训班结束后，段启明集中了一段时间，先后阅读了何祚庥先生送来的《转法轮》等9本图书，也搜集了李洪志其他图书以及有关法轮功问题正反两方面的一些资料。通过对这些图书和资料的研究，段启明认定李洪志是一个借气功和“佛法”神化自己、编造和散布迷信邪说、反对科学文明、欺骗愚弄练习者、诈骗钱财的江湖骗子，法轮功是一个具有会道门和邪教特征的非法组织。遂整理了一份2万多字的《浅析李洪志的“法轮佛法”》，其中包括“法轮佛法”的主要观点，李洪志个人情况、图书出版情况和组织体系，社会影响和危害，对策建议，共四个部分。段启明在研究李洪志及法轮功问题的过程中除得到何祚庥先生的支持和指导外，还得到郭正谊、司马南、文有仁、陈祖甲、陈星桥等人的支持和帮助。
1999年4月5日，段启明在完成《浅析李洪志的“法轮佛法”》初稿的当天，便向宗教局建议安排一期“宗教问题论坛”（全局不定期研究宗教问题的论坛，由培训中心承办），介绍有关李洪志及法轮功的情况，并写到：“毛遂自荐，我来主讲”。他在第二封信中写到：“当我一接触这个问题（指李洪志及法轮功问题），我就难以放下，如果听任这种妖言邪说流传，就失去一个党员应有的责任。所以我花了一段时间和精力，看了李洪志八九本书、一些群众来信，尽所能了解了一些情况，初步整理了这份资料。问题归纳得未必恰当准确，一些观点也未必正确，尤其还没有来得及做正面批判。但作为了解这方面的情况，我觉得可能会有一点价值。日前，我建议安排一期‘宗教问题论坛’，由我来介绍一些情况，动机在于抛砖引玉，以期引起我局同志的关注和研究。”
4月14日，中国无神论学会召开纪念“五四”80周年座谈会，会上安排段启明就李洪志及法轮功问题作了发言。何祚庥先生发言时指出，无神论宣传应着重反对现代造神运动。会议根据何祚庥先生的提议，决定由段启明、杜继文执笔就李洪志及法轮功问题代中国无神论学会起草一份报告呈送中央领导。
4月20日，中国科协在科技会堂召开纪念“五四”80周年座谈会。在这次会上，段启明将修改后的报告送给到会的何祚庥、郭正谊、李申等人审改。鉴于法轮功已经开始煽动练习者围攻天津教育学院，为争取时间，减少环节，当天还确定把由“中国无神论学会”署名改为个人署名。
4月23日是李洪志及法轮功邪教煽动练习者围攻天津教育学院第五天。郭正谊把自己当天所了解的天津的情况打电话告诉了段启明，让他在报告中加写一点文字。4月24日，段启明写好了呈送中央领导的信，信上署名的六人分别为任继愈（中国无神论学会理事长、国家图书馆馆长）、何祚庥（中国无神论学会副理事长、中科院院士）、杜继文（中国无神论学会副理事长、社科院世宗所研究员）、李申（中国无神论学会秘书长、社科院世宗所研究员）、郭正谊（中国无神论学会理事、中国科协科普所研究员）、段启明（中国无神论学会理事、原国家宗教局政策法规司司长）。令人意想不到的是：他们的信还尚未送出，李洪志及法轮功邪教即煽动六省市上万名法轮功练习者赶到北京，制造了震惊中外的“4·25”事件。
“4·25”事件后，中央政府有关部门和北京市政府有关部门开始全面调查李洪志及法轮功问题。段启明被推荐参加了“法轮功类图书审读小组”，并送交了《<转法轮>等出版物是一批露骨宣扬迷信愚昧的出版物》、《欺世盗名的江湖骗子李洪志》两份资料，参与了对李洪志的图书及其有关资料的审读工作。7月22日后，参与了《现代谎言——李洪志歪理邪说评析》一书的编写。北京电视台“视线人物”、中央电视台“中国报导”、“新闻调查”先后对段启明进行过采访。应《人民日报》、《经济日报》、《科技潮》和《科学与无神论》杂志之约，段启明在这些报刊上发表了许多批判李洪志及法轮功的文章。9月，应辽宁人民出版社约请，编写了《邪教——法轮功》一书。
2000年3、4月份，在深入揭批李洪志歪理邪说中，段启明与郭正谊、金维克一起摘编了《李洪志歪理邪说》；还撰写了《本无法轮，何以炼人》、《法轮既不度己也不度人》、《李洪志反对科学是为了宣扬迷信》等文章，在《人民日报》、《光明日报》发表。这些材料和文章后被收入《“法轮功”歪理邪说剖析》（科普出版社）一书。
2000年11月中旬，段启明随同申振钰、司马南等人一起赴澳大利亚悉尼参加了第三届世界怀疑论者大会，在会上作了题为《法轮功是邪教》的发言。为“邪教问题国际研讨会”撰写了题为《评法轮功的教主崇拜和精神控制》的论文，后被收入《论邪教》(广西人民出版)一书。
2001年以来，已经退休并且离开工作岗位的段启明，仍然密切关注同法轮功邪教的斗争。法轮功痴迷者在天安门广场自焚惨案发生后，段启明在中国反邪教协会座谈会上发表了题为《强烈谴责法轮功邪教制造的天安门自焚惨案》的讲话。此后参加了在香港举行的“宗教与邪教问题”研讨会，作了“尊重宗教，抵御邪教”的发言。这一年还撰写了《警惕法轮功邪教新的极端行为和恐怖活动》(收入《再论邪教》,广西人民出版)、《宗教信仰自由与科学无神论教育》（《科学与无神论》杂志）、《无可奈何花落去》（中国反邪教网）等文章。参与了《反对邪教，保障人权》（科普出版社）、《反对邪教，保障人权》（群众出版社）、《反邪教工作手册》（海南出版社）有关法轮功问题章节的撰写。
2002年3月，李洪志的《北美巡回讲法》出笼后，段启明对其进行了深入剖析，撰写了系列批判文章：《数典忘祖的民族败类》、《邪教教主的自白》、《圆满是个大骗局》、《造谣者必以谣言被杀》、《不能兑现的诺言》、《法轮功邪教的画皮》等。2003年至2004年，应一些地方和单位邀请，作过数场题为《法轮功邪教真相剖析》的报告。2005年7月，编写了《李洪志及法轮功问题真相五十问》。
在总结防范抵御邪教的教训方面，段启明也进行了深入思考，撰写了《关于青少年无神论教育的几个问题》（《科学与无神论》杂志）、《营造科学文明的社会环境》、《消除宗教信仰自由的某些误区》、《正确认识和处理我国的宗教问题──在认识和处理宗教问题上应防止和反对两种倾向》等论文。
鉴于段启明在崇尚科学文明、反对迷信愚昧、批判李洪志歪理邪说方面所做的贡献，他在1999年12月被评为“全国先进科普工作者”，2001年2月，被评为“全国同法轮功邪教组织斗争先进个人”。至今段启明先生仍然活跃在与法轮功斗争的前哨阵地。