1999年4月25日，上万名“法轮功”痴迷者围攻中南海，司马南知道后义愤填膺，热血沸腾，他冒着再一次挨打的可能立刻赶往现场，他要揭露“法轮功”。刚到现场就被一个“法轮功”骨干分子认了出来，“他是司马南，他是司马南！”好几个“法轮功”弟子向司马南冲了过来，要不是有警察，这一顿挨打是免不了了。他们为什么这么恨司马南？起因还是因为司马南对伪气功的揭露上。
1990年，司马南在中国科普研究所组织的会议上首次揭露伪气功、特异功能。当时司马南以“司马大师”的名义表演了“耳朵认字、意念猜物、嘴叼摩托、汽车压身”等等各种所谓的软气功、硬气功、特异功能，轰动了在场的所有参会者。正当大家对气功、特异功能的神奇议论之时，司马南以一个新闻记者（他本来的职业）重新出现在会场，告诉与会者，他叫“司马南”，并不是什么大师，只是一名记者，刚才的表演也不是什么“气功、特异功能”，不是真的，说确切是魔术。原因是当时社会上真是“特异功能”，紧接着是“气功”热。张香玉、张宏堡、严新等一批“气功大师”到处宣传、做报告，还是什么带“功”报告，张香玉的带“功”报告的门票竟达到50元一张。她的一场报告下来，仅门票收入可达到数万元，甚至数十万元。看着这些打着弘扬传统文化却在干着骗人钱财、宣传封建迷信的勾当，疾恶如仇的司马南坐不住了，他的职业道德让他说真话、讲真相。从此，司马南开始与伪气功、伪科学进行了针锋相对的斗争。从1990年第一次“出山”揭露伪气功，到1995年，司马南在各种场合下、会议中表演“特异功能”，揭露“特异功能”。1995年4月，《北京青年报》以连载形式连续推出司马南的讲演文稿，又正式出版了《神功内幕》，断了财路的大师们，实际是骗子们当然对他恨之又恨。
为了揭露伪气功，“神医”司马南北战柯云路，南下寻“神医“，去山东抓“神眼”，当《工人日报》代理人，与信息茶大王沈昌对簿公堂；还悬赏百万元寻求“特异功能”人。在陕西终南山遭胡万林们毒打；柯云路的大师扬言要拔掉司马南满口牙；从天津回北京的路上，遭人暗算毒打；经常接到恐吓电话等等，这些都威胁不了司马南，他照样战斗在反伪斗争第一线上，毫不退让。
1995年7月21日，柯云路在北京五塔寺召来新闻界的一些记者，向人们介绍他的《柯云路新疾病学》、《走出心灵的地域》、《气功修炼的奥秘和误区》即他的《生命科学丛书》。正当他宣讲时，司马南来了，因为司马南的到来，表演不成了，更因为司马南的到来，柯云路的讲演已经章法大乱、不知所云了。司马南来五塔寺的目的：1、要求请柯云路的“注册气功师”周德荣大师当场把司马南满口的牙都拔光；2、请柯云路把他说的中央批评司马南的文件告诉司马南。
为什么司马南有这样的要求？原来6月份的时候，柯云路为了宣扬他的新疾病学，推出他的“气功大师”，搞了一个“健康万里行报告团”。6月24日，报告团在全国许多城市巡回报告表演了一圈之后，来到了深圳，并在深圳举行了盛大的特异功能报告演示会。就是在这个演示会上，柯云路以“中国生命科学研究院院长”的身份向观众推出了一位四川气功大师——周德荣。柯云路在介绍这位大师时，特意说他是“中国生命科学研究院”的“注册气功师”。这位大师被柯云路推举出来，是因为此大师有“特异功能”，他可以用“意念”拔牙，并且拔牙之后没有痛感。更为引人注目的是这位大师不仅自己有此神功，而且他的妻子和年仅6岁的孩子也有“意念”拔牙的神功。
柯云路在介绍完周德荣大师的种种“奇迹”之后，便请大师让他给观众表演“意念”拔牙的特异功能。周大师上台了，此时台下有人问：“如果现在北京的司马南来了你也能将他的牙拔掉吗？”周大师挥着手说：“如果司马南敢来，我一定把他满口的牙都拔下来，给大家出口恶气！”
周大师的狂言博得了较好的现场效果，可是没有想到这消息后来就真的传到了司马南的耳朵里。此后，柯云路带着他的“注册气功师”作了几场有较好经济效益的气功报告和表演会。就是在这次深圳之行中，柯云路多次在公开场合向新闻界、企业界、气功界通报“中央精神”，他说，中央已经下发了文件，批评了司马南。柯云路以“中国生命科学研究院院长“的身份和口气对各界人士说，司马南不懂科学，不讲科学，没有科学态度。柯云路万万没有想到的是，他的话和周大师的狂言被司马南知道了，这才有了司马南的两个要求。
司马南要求“意念”拔牙和看文件，柯云路都做不到，他更拿不出中央文件来。随后，司马南为了揭露真相，就柯云路的种种学说进行了评论，认为柯云路以几个伪气功大师的几个小魔术表演做依据，就宣布他要推翻整个现存的科学体系，完全是信口雌黄。新闻发布会后，许多报纸杂志纷纷报道了这场具有特殊意味的发布会。被柯云路称做”历史会记住今天”的交锋，在许多人中间传播开来。
1998年，为核实柯云路《发现黄帝内经》中的言论与事实，司马南到陕西调查胡万林，结果遭到毒打，险些要命。此事对他触动很大，更坚信特异功能不存在。1999年，“法轮功“邪教组织人围攻中南海，司马南进入静坐队伍中，观察事态的发展。1999年底和2000年初，他代表中国科技界和反伪科学界出访澳大利亚，返途中在香港新华社门口，与“法轮功”支持者进行了激烈地辩论。2001年3月，他到瑞士的日内瓦出席世界人权大会，现身说法，专门去讲中国的人权状况，批驳“法轮功”的各种歪理邪说。
笔者作为作者，1987年因为某篇文章要发在司马南担任某报编辑部主任的位置上而认识了司马南，他当时作为报纸的负责人之一，给笔者的印象是这人很认真，也很率直，有什么说什么，不隐瞒自己的观点和看法。文章写的不好，观点不明确是不能发表的。到现在认识司马南已近20年了，这20年，司马南从一个默默无闻的记者成为反伪斗士，因为反伪又出了名，出名是好事，但充满艰难。说他的名声就是用血汗和性命换来的一点不过份。司马南并不是科学家，但他的求真精神与实事求是精神与科学精神相符合，他的勇于斗争、不怕牺牲的精神使人钦佩，他的能言善辩和口才让搞伪科学的人胆战心惊，这就是笔者认识的司马南。